数据类型和内存数据模型#
Apache Arrow 通过将类型元数据与内存缓冲区组合起来定义列式数组数据结构,如内存和 IO文档中所述。 这些数据结构通过一系列相互关联的类在 Python 中公开。
类型元数据:
pyarrow.DataType
的实例,描述数组的类型并控制如何解释其值模式:
pyarrow.Schema
的实例,描述类型的命名集合。 可以将它们视为类表对象中的列类型。数组:
pyarrow.Array
的实例,它是原子、连续的列式数据结构,由 Arrow 缓冲区对象组成记录批次:
pyarrow.RecordBatch
的实例,它是具有特定 Schema 的 Array 对象集合表:
pyarrow.Table
的实例,一个逻辑表数据结构,其中每一列由一个或多个相同类型的pyarrow.Array
对象组成。
我们将在以下各节中通过一系列示例对它们进行检查。
类型元数据#
Apache Arrow 定义了与语言无关的面向列的数组数据数据结构。其中包括
定长原始类型:数字、布尔值、日期和时间、固定大小的二进制、小数以及其他适合给定数字的值
变长原始类型:二进制、字符串
嵌套类型:列表、映射、结构和联合
字典类型:一种编码的分类类型(稍后详细介绍)
Arrow 中的每种数据类型都有一个对应的工厂函数,用于在 Python 中创建该类型对象的实例
In [1]: import pyarrow as pa
In [2]: t1 = pa.int32()
In [3]: t2 = pa.string()
In [4]: t3 = pa.binary()
In [5]: t4 = pa.binary(10)
In [6]: t5 = pa.timestamp('ms')
In [7]: t1
Out[7]: DataType(int32)
In [8]: print(t1)
int32
In [9]: print(t4)
fixed_size_binary[10]
In [10]: print(t5)
timestamp[ms]
注意
不同的数据类型可能会使用给定的物理存储。例如,int64
、float64
和 timestamp[ms]
每个值都占用 64 位。
这些对象是 元数据
;它们用于描述数组、模式和记录批次中的数据。在 Python 中,它们可以在输入数据(例如,Python 对象)可以强制转换为多个 Arrow 类型的函数中使用。
Field
类型是类型加上名称和可选的用户定义元数据
In [11]: f0 = pa.field('int32_field', t1)
In [12]: f0
Out[12]: pyarrow.Field<int32_field: int32>
In [13]: f0.name
Out[13]: 'int32_field'
In [14]: f0.type
Out[14]: DataType(int32)
Arrow 支持嵌套值类型,如列表、映射、结构和联合。创建这些类型时,必须传递类型或字段来指示类型子项的数据类型。例如,我们可以定义一个包含 int32 值的列表,如下所示
In [15]: t6 = pa.list_(t1)
In [16]: t6
Out[16]: ListType(list<item: int32>)
struct
是命名字段的集合
In [17]: fields = [
....: pa.field('s0', t1),
....: pa.field('s1', t2),
....: pa.field('s2', t4),
....: pa.field('s3', t6),
....: ]
....:
In [18]: t7 = pa.struct(fields)
In [19]: print(t7)
struct<s0: int32, s1: string, s2: fixed_size_binary[10], s3: list<item: int32>>
为了方便起见,您可以直接传递 (name, type)
元组,而不是 Field
实例
In [20]: t8 = pa.struct([('s0', t1), ('s1', t2), ('s2', t4), ('s3', t6)])
In [21]: print(t8)
struct<s0: int32, s1: string, s2: fixed_size_binary[10], s3: list<item: int32>>
In [22]: t8 == t7
Out[22]: True
有关数据类型函数的完整列表,请参阅数据类型 API。
模式#
Schema
类型类似于 struct
数组类型;它定义了记录批次或表数据结构中的列名和类型。 pyarrow.schema()
工厂函数在 Python 中创建新的 Schema 对象
In [23]: my_schema = pa.schema([('field0', t1),
....: ('field1', t2),
....: ('field2', t4),
....: ('field3', t6)])
....:
In [24]: my_schema
Out[24]:
field0: int32
field1: string
field2: fixed_size_binary[10]
field3: list<item: int32>
child 0, item: int32
在某些应用程序中,您可能不会直接创建模式,而只使用嵌入在IPC 消息中的模式。
数组#
对于每种数据类型,都有一个随附的数组数据结构,用于保存定义单个连续列式数组数据块的内存缓冲区。 当您使用 PyArrow 时,此数据可能来自 IPC 工具,但也可以从各种类型的 Python 序列(列表、NumPy 数组、pandas 数据)创建。
创建数组的简单方法是使用 pyarrow.array
,它类似于 numpy.array
函数。默认情况下,PyArrow 将为您推断数据类型
In [25]: arr = pa.array([1, 2, None, 3])
In [26]: arr
Out[26]:
<pyarrow.lib.Int64Array object at 0x7fe4138c2a40>
[
1,
2,
null,
3
]
但是您也可以传递特定的数据类型来覆盖类型推断
In [27]: pa.array([1, 2], type=pa.uint16())
Out[27]:
<pyarrow.lib.UInt16Array object at 0x7fe4138c30a0>
[
1,
2
]
数组的 type
属性是相应的类型元数据
In [28]: arr.type
Out[28]: DataType(int64)
每个内存数组都有已知的长度和 null 计数(如果没有 null 值,则为 0)
In [29]: len(arr)
Out[29]: 4
In [30]: arr.null_count
Out[30]: 1
可以使用常规索引选择标量值。 pyarrow.array
将 None
值转换为 Arrow null;我们为 null 返回特殊的 pyarrow.NA
值
In [31]: arr[0]
Out[31]: <pyarrow.Int64Scalar: 1>
In [32]: arr[2]
Out[32]: <pyarrow.Int64Scalar: None>
Arrow 数据是不可变的,因此可以选择值但不能分配值。
数组可以在不复制的情况下进行切片
In [33]: arr[1:3]
Out[33]:
<pyarrow.lib.Int64Array object at 0x7fe4138c3d00>
[
2,
null
]
None 值和 NAN 处理#
如上节所述,Python 对象 None
在转换为 pyarrow.Array
时始终转换为 Arrow null 元素。对于 float NaN 值,它由 Python 对象 float('nan')
或 numpy.nan
表示,我们通常会在转换过程中将其转换为有效的 float 值。如果向 pyarrow.array
提供包含 np.nan
的整数输入,则会引发 ValueError
。
为了更好地兼容 Pandas,我们支持将 NaN 值解释为 null 元素。这会在所有 from_pandas
函数上自动启用,并且可以通过传递 from_pandas=True
作为函数参数在其他转换函数上启用。
列表数组#
pyarrow.array
能够推断简单嵌套数据结构(如列表)的类型
In [34]: nested_arr = pa.array([[], None, [1, 2], [None, 1]])
In [35]: print(nested_arr.type)
list<item: int64>
ListView 数组#
pyarrow.array
可以创建一种名为 ListView 的替代列表类型
In [36]: nested_arr = pa.array([[], None, [1, 2], [None, 1]], type=pa.list_view(pa.int64()))
In [37]: print(nested_arr.type)
list_view<item: int64>
ListView 数组具有与 List 数组不同的缓冲区集。ListView 数组同时具有偏移量和大小缓冲区,而 List 数组仅具有偏移量缓冲区。这允许 ListView 数组指定无序偏移量
In [38]: values = [1, 2, 3, 4, 5, 6]
In [39]: offsets = [4, 2, 0]
In [40]: sizes = [2, 2, 2]
In [41]: arr = pa.ListViewArray.from_arrays(offsets, sizes, values)
In [42]: arr
Out[42]:
<pyarrow.lib.ListViewArray object at 0x7fe413700e20>
[
[
5,
6
],
[
3,
4
],
[
1,
2
]
]
有关ListView 布局的更多详细信息,请参阅格式规范。
结构体数组#
pyarrow.array
能够从字典数组中推断出结构类型的模式
In [43]: pa.array([{'x': 1, 'y': True}, {'z': 3.4, 'x': 4}])
Out[43]:
<pyarrow.lib.StructArray object at 0x7fe413701120>
-- is_valid: all not null
-- child 0 type: int64
[
1,
4
]
-- child 1 type: bool
[
true,
null
]
-- child 2 type: double
[
null,
3.4
]
结构体数组可以从 Python 字典或元组序列初始化。对于元组,您必须显式传递类型
In [44]: ty = pa.struct([('x', pa.int8()),
....: ('y', pa.bool_())])
....:
In [45]: pa.array([{'x': 1, 'y': True}, {'x': 2, 'y': False}], type=ty)
Out[45]:
<pyarrow.lib.StructArray object at 0x7fe4137018a0>
-- is_valid: all not null
-- child 0 type: int8
[
1,
2
]
-- child 1 type: bool
[
true,
false
]
In [46]: pa.array([(3, True), (4, False)], type=ty)
Out[46]:
<pyarrow.lib.StructArray object at 0x7fe413701960>
-- is_valid: all not null
-- child 0 type: int8
[
3,
4
]
-- child 1 type: bool
[
true,
false
]
初始化结构体数组时,允许在结构体级别和单个字段级别使用 null。如果从 Python 字典序列初始化,则缺少字典键将被视为 null 值
In [47]: pa.array([{'x': 1}, None, {'y': None}], type=ty)
Out[47]:
<pyarrow.lib.StructArray object at 0x7fe4138c31c0>
-- is_valid:
[
true,
false,
true
]
-- child 0 type: int8
[
1,
0,
null
]
-- child 1 type: bool
[
null,
false,
null
]
您还可以从每个结构的组件的现有数组构造结构体数组。在这种情况下,数据存储将与各个数组共享,并且不涉及复制
In [48]: xs = pa.array([5, 6, 7], type=pa.int16())
In [49]: ys = pa.array([False, True, True])
In [50]: arr = pa.StructArray.from_arrays((xs, ys), names=('x', 'y'))
In [51]: arr.type
Out[51]: StructType(struct<x: int16, y: bool>)
In [52]: arr
Out[52]:
<pyarrow.lib.StructArray object at 0x7fe4137008e0>
-- is_valid: all not null
-- child 0 type: int16
[
5,
6,
7
]
-- child 1 type: bool
[
false,
true,
true
]
映射数组#
映射数组可以从元组(键-项对)列表的列表构造,但前提是将类型显式传递到array()
中
In [53]: data = [[('x', 1), ('y', 0)], [('a', 2), ('b', 45)]]
In [54]: ty = pa.map_(pa.string(), pa.int64())
In [55]: pa.array(data, type=ty)
Out[55]:
<pyarrow.lib.MapArray object at 0x7fe4138c3220>
[
keys:
[
"x",
"y"
]
values:
[
1,
0
],
keys:
[
"a",
"b"
]
values:
[
2,
45
]
]
MapArrays 还可以从偏移量、键和项数组构造。偏移量表示每个映射的起始位置。请注意,MapArray.keys
和 MapArray.items
属性会给出展平的键和项。要保持键和项与其行关联,请将 ListArray.from_arrays()
构造函数与 MapArray.offsets
属性一起使用。
In [56]: arr = pa.MapArray.from_arrays([0, 2, 3], ['x', 'y', 'z'], [4, 5, 6])
In [57]: arr.keys
Out[57]:
<pyarrow.lib.StringArray object at 0x7fe413701240>
[
"x",
"y",
"z"
]
In [58]: arr.items
Out[58]:
<pyarrow.lib.Int64Array object at 0x7fe413701f00>
[
4,
5,
6
]
In [59]: pa.ListArray.from_arrays(arr.offsets, arr.keys)
Out[59]:
<pyarrow.lib.ListArray object at 0x7fe4137020e0>
[
[
"x",
"y"
],
[
"z"
]
]
In [60]: pa.ListArray.from_arrays(arr.offsets, arr.items)
Out[60]:
<pyarrow.lib.ListArray object at 0x7fe413702080>
[
[
4,
5
],
[
6
]
]
联合数组#
联合类型表示一种嵌套数组类型,其中每个值可以是(且只能是)一组可能的类型中的一种。联合数组有两种可能的存储类型:稀疏和密集。
在一个稀疏联合数组中,每个子数组的长度与结果联合数组的长度相同。它们通过一个 int8
“类型” 数组进行连接,该数组告知对于每个值,应该从哪个子数组中选择。
In [61]: xs = pa.array([5, 6, 7])
In [62]: ys = pa.array([False, False, True])
In [63]: types = pa.array([0, 1, 1], type=pa.int8())
In [64]: union_arr = pa.UnionArray.from_sparse(types, [xs, ys])
In [65]: union_arr.type
Out[65]: SparseUnionType(sparse_union<0: int64=0, 1: bool=1>)
In [66]: union_arr
Out[66]:
<pyarrow.lib.UnionArray object at 0x7fe4137009a0>
-- is_valid: all not null
-- type_ids: [
0,
1,
1
]
-- child 0 type: int64
[
5,
6,
7
]
-- child 1 type: bool
[
false,
false,
true
]
在一个密集联合数组中,除了 int8
“类型” 数组之外,你还需要传递一个 int32
“偏移量” 数组,该数组告知对于每个值,在所选子数组中的哪个偏移量可以找到它。
In [67]: xs = pa.array([5, 6, 7])
In [68]: ys = pa.array([False, True])
In [69]: types = pa.array([0, 1, 1, 0, 0], type=pa.int8())
In [70]: offsets = pa.array([0, 0, 1, 1, 2], type=pa.int32())
In [71]: union_arr = pa.UnionArray.from_dense(types, offsets, [xs, ys])
In [72]: union_arr.type
Out[72]: DenseUnionType(dense_union<0: int64=0, 1: bool=1>)
In [73]: union_arr
Out[73]:
<pyarrow.lib.UnionArray object at 0x7fe413702b00>
-- is_valid: all not null
-- type_ids: [
0,
1,
1,
0,
0
]
-- value_offsets: [
0,
0,
1,
1,
2
]
-- child 0 type: int64
[
5,
6,
7
]
-- child 1 type: bool
[
false,
true
]
字典数组#
PyArrow 中的 字典 类型是一种特殊的数组类型,类似于 R 中的因子或 pandas.Categorical
。它使文件或流中的一个或多个记录批次能够传输引用共享字典的整数索引,该字典包含逻辑数组中的不同值。这尤其常用于字符串,以节省内存并提高性能。
Apache Arrow 格式中处理字典的方式与它们在 C++ 和 Python 中的显示方式略有不同。我们定义了一个特殊的 DictionaryArray
类型,并具有相应的字典类型。让我们考虑一个例子。
In [74]: indices = pa.array([0, 1, 0, 1, 2, 0, None, 2])
In [75]: dictionary = pa.array(['foo', 'bar', 'baz'])
In [76]: dict_array = pa.DictionaryArray.from_arrays(indices, dictionary)
In [77]: dict_array
Out[77]:
<pyarrow.lib.DictionaryArray object at 0x7fe4137168f0>
-- dictionary:
[
"foo",
"bar",
"baz"
]
-- indices:
[
0,
1,
0,
1,
2,
0,
null,
2
]
这里我们有
In [78]: print(dict_array.type)
dictionary<values=string, indices=int64, ordered=0>
In [79]: dict_array.indices
Out[79]:
<pyarrow.lib.Int64Array object at 0x7fe413703160>
[
0,
1,
0,
1,
2,
0,
null,
2
]
In [80]: dict_array.dictionary
Out[80]:
<pyarrow.lib.StringArray object at 0x7fe413703be0>
[
"foo",
"bar",
"baz"
]
当使用 DictionaryArray
与 pandas 时,类似的是 pandas.Categorical
(稍后会详细介绍)。
In [81]: dict_array.to_pandas()
Out[81]:
0 foo
1 bar
2 foo
3 bar
4 baz
5 foo
6 NaN
7 baz
dtype: category
Categories (3, object): ['foo', 'bar', 'baz']
记录批次#
Apache Arrow 中的 记录批次 是等长数组实例的集合。让我们考虑一个数组集合。
In [82]: data = [
....: pa.array([1, 2, 3, 4]),
....: pa.array(['foo', 'bar', 'baz', None]),
....: pa.array([True, None, False, True])
....: ]
....:
可以使用 RecordBatch.from_arrays
从此数组列表创建记录批次。
In [83]: batch = pa.RecordBatch.from_arrays(data, ['f0', 'f1', 'f2'])
In [84]: batch.num_columns
Out[84]: 3
In [85]: batch.num_rows
Out[85]: 4
In [86]: batch.schema
Out[86]:
f0: int64
f1: string
f2: bool
In [87]: batch[1]
Out[87]:
<pyarrow.lib.StringArray object at 0x7fe413750dc0>
[
"foo",
"bar",
"baz",
null
]
可以像数组一样对记录批次进行切片,而无需复制内存。
In [88]: batch2 = batch.slice(1, 3)
In [89]: batch2[1]
Out[89]:
<pyarrow.lib.StringArray object at 0x7fe4137510c0>
[
"bar",
"baz",
null
]
表#
PyArrow Table
类型不是 Apache Arrow 规范的一部分,而是一种工具,用于帮助将多个记录批次和数组片段作为单个逻辑数据集进行处理。作为一个相关的例子,我们可能会在套接字流中接收到多个小的记录批次,然后需要将它们连接到连续的内存中,以便在 NumPy 或 pandas 中使用。Table 对象可以高效地执行此操作,而无需额外的内存复制。
考虑到我们上面创建的记录批次,我们可以使用 Table.from_batches
创建一个包含批次一个或多个副本的表。
In [90]: batches = [batch] * 5
In [91]: table = pa.Table.from_batches(batches)
In [92]: table
Out[92]:
pyarrow.Table
f0: int64
f1: string
f2: bool
----
f0: [[1,2,3,4],[1,2,3,4],...,[1,2,3,4],[1,2,3,4]]
f1: [["foo","bar","baz",null],["foo","bar","baz",null],...,["foo","bar","baz",null],["foo","bar","baz",null]]
f2: [[true,null,false,true],[true,null,false,true],...,[true,null,false,true],[true,null,false,true]]
In [93]: table.num_rows
Out[93]: 20
表的列是 ChunkedArray
的实例,它是同一类型的一个或多个数组的容器。
In [94]: c = table[0]
In [95]: c
Out[95]:
<pyarrow.lib.ChunkedArray object at 0x7fe413751a20>
[
[
1,
2,
3,
4
],
[
1,
2,
3,
4
],
...,
[
1,
2,
3,
4
],
[
1,
2,
3,
4
]
]
In [96]: c.num_chunks
Out[96]: 5
In [97]: c.chunk(0)
Out[97]:
<pyarrow.lib.Int64Array object at 0x7fe4137516c0>
[
1,
2,
3,
4
]
正如你在 pandas 部分中看到的那样,我们可以将这些对象转换为连续的 NumPy 数组,以便在 pandas 中使用。
In [98]: c.to_pandas()
Out[98]:
0 1
1 2
2 3
3 4
4 1
5 2
6 3
7 4
8 1
9 2
10 3
11 4
12 1
13 2
14 3
15 4
16 1
17 2
18 3
19 4
Name: f0, dtype: int64
如果架构相等,也可以使用 pyarrow.concat_tables
将多个表连接在一起以形成单个表。
In [99]: tables = [table] * 2
In [100]: table_all = pa.concat_tables(tables)
In [101]: table_all.num_rows
Out[101]: 40
In [102]: c = table_all[0]
In [103]: c.num_chunks
Out[103]: 10
这类似于 Table.from_batches
,但使用表作为输入而不是记录批次。记录批次可以转换为表,但反之则不然,因此如果你的数据已经以表的形式存在,那么请使用 pyarrow.concat_tables
。
自定义架构和字段元数据#
Arrow 支持架构级和字段级自定义键值元数据,允许系统插入自己的应用程序定义的元数据以自定义行为。
可以在架构级的 Schema.metadata
和字段级的 Field.metadata
中访问自定义元数据。
请注意,此元数据在 流式传输、序列化和 IPC 过程中保留。
要自定义现有表的架构元数据,可以使用 Table.replace_schema_metadata()
。
In [104]: table.schema.metadata # empty
In [105]: table = table.replace_schema_metadata({"f0": "First dose"})
In [106]: table.schema.metadata
Out[106]: {b'f0': b'First dose'}
要自定义表架构中字段的元数据,可以使用 Field.with_metadata()
。
In [107]: field_f1 = table.schema.field("f1")
In [108]: field_f1.metadata # empty
In [109]: field_f1 = field_f1.with_metadata({"f1": "Second dose"})
In [110]: field_f1.metadata
Out[110]: {b'f1': b'Second dose'}
这两种选项都创建数据的浅拷贝,实际上并不更改不可变的架构。要更改表架构中的元数据,我们在调用 Table.replace_schema_metadata()
时创建了一个新对象。
要更改架构中字段的元数据,我们需要定义一个新的架构并将数据转换为此架构。
In [111]: my_schema2 = pa.schema([
.....: pa.field('f0', pa.int64(), metadata={"name": "First dose"}),
.....: pa.field('f1', pa.string(), metadata={"name": "Second dose"}),
.....: pa.field('f2', pa.bool_())],
.....: metadata={"f2": "booster"})
.....:
In [112]: t2 = table.cast(my_schema2)
In [113]: t2.schema.field("f0").metadata
Out[113]: {b'name': b'First dose'}
In [114]: t2.schema.field("f1").metadata
Out[114]: {b'name': b'Second dose'}
In [115]: t2.schema.metadata
Out[115]: {b'f2': b'booster'}
元数据键和值对是 C++ 实现中的 std::string
对象,因此它们是 Python 中的字节对象 (b'...'
)。
记录批次读取器#
PyArrow 中的许多函数返回或接受 RecordBatchReader
作为参数。它可以像任何记录批次的可迭代对象一样使用,但也提供了它们的公共架构,而无需获取任何批次。
>>> schema = pa.schema([('x', pa.int64())])
>>> def iter_record_batches():
... for i in range(2):
... yield pa.RecordBatch.from_arrays([pa.array([1, 2, 3])], schema=schema)
>>> reader = pa.RecordBatchReader.from_batches(schema, iter_record_batches())
>>> print(reader.schema)
pyarrow.Schema
x: int64
>>> for batch in reader:
... print(batch)
pyarrow.RecordBatch
x: int64
pyarrow.RecordBatch
x: int64
它也可以使用 C 流接口在语言之间发送。
将 RecordBatch 转换为张量#
RecordBatch
的每个数组都有自己的连续内存,这些内存不一定与其他数组相邻。机器学习库中使用的另一种内存结构是二维数组(也称为 2 维张量或矩阵),它仅占用一个连续的内存块。
因此,有一个函数 pyarrow.RecordBatch.to_tensor()
可用于将表格列数据高效地转换为张量。
此转换支持的数据类型是无符号、有符号整数和浮点类型。目前仅支持列优先转换。
>>> import pyarrow as pa
>>> arr1 = [1, 2, 3, 4, 5]
>>> arr2 = [10, 20, 30, 40, 50]
>>> batch = pa.RecordBatch.from_arrays(
... [
... pa.array(arr1, type=pa.uint16()),
... pa.array(arr2, type=pa.int16()),
... ], ["a", "b"]
... )
>>> batch.to_tensor()
<pyarrow.Tensor>
type: int32
shape: (9, 2)
strides: (4, 36)
>>> batch.to_tensor().to_numpy()
array([[ 1, 10],
[ 2, 20],
[ 3, 30],
[ 4, 40],
[ 5, 50]], dtype=int32)
将 null_to_nan
设置为 True
,也可以转换包含 null 的数据。它们将被转换为 NaN
。
>>> import pyarrow as pa
>>> batch = pa.record_batch(
... [
... pa.array([1, 2, 3, 4, None], type=pa.int32()),
... pa.array([10, 20, 30, 40, None], type=pa.float32()),
... ], names = ["a", "b"]
... )
>>> batch.to_tensor(null_to_nan=True).to_numpy()
array([[ 1., 10.],
[ 2., 20.],
[ 3., 30.],
[ 4., 40.],
[nan, nan]])