跳转到内容

如果您是使用 Arrow 代码的开发人员,该包对 tidy eval 和 C++ 的使用需要一个可靠的调试策略。在本文中,我们推荐几种方法。

调试 R 代码

通常,我们发现使用交互式调试(例如调用 browser()),您可以在特定环境中检查对象,比简单的技术(例如 print() 语句)更有效。

在段错误后获取更具描述性的 C++ 错误消息

如果您在 RStudio IDE 中工作,如果出现段错误,您的 R 会话将被中止。如果您在命令行 R 会话中重新运行代码,则会话不会自动中止,因此可以复制段错误附带的错误消息。这是一个在撰写本文时存在的错误示例。

> S3FileSystem$create()

 *** caught segfault ***
address 0x1a0, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: (function (anonymous, access_key, secret_key, session_token,     role_arn, session_name, external_id, load_frequency, region,     endpoint_override, scheme, background_writes) {    .Call(`_arrow_fs___S3FileSystem__create`, anonymous, access_key,         secret_key, session_token, role_arn, session_name, external_id,         load_frequency, region, endpoint_override, scheme, background_writes)})(access_key = "", secret_key = "", session_token = "", role_arn = "",     session_name = "", external_id = "", load_frequency = 900L,     region = "", endpoint_override = "", scheme = "", background_writes = TRUE,     anonymous = FALSE)
 2: exec(fs___S3FileSystem__create, !!!args)
 3: S3FileSystem$create()

此输出提供了 R 追溯;但是,它没有提供任何有关段错误源自的 C++ 代码的确切行的信息。为此,您需要在附加 C++ 调试器的情况下运行 R。

在附加 C++ 调试器的情况下运行 R 代码

由于 Arrow 的核心是 C++ 代码,因此当错误源自 C++ 而不是 R 层时,调试代码有时会很棘手。如果您添加触发 C++ 错误的新代码(或在现有代码中找到一个错误),这可能会导致段错误。如果您在 RStudio 中工作,则会话将中止,并且您可能无法检索诊断和/或报告错误所需的错误消息。解决此问题的一种方法是找到导致错误的代码,并在附加 C++ 调试器的情况下运行 R。

如果您使用的是 macOS 并且已使用 Apple 安装程序安装了 R,则将无法在附加调试器的情况下运行 R;有关此问题的原因和解决方法的详细信息,请参阅此处的说明

首先,使用调试器加载 R。最常见的调试器是 gdb(通常在 Linux 上找到,有时在 macOS 上找到,或通过 MinGW 或 Cygwin 在 Windows 上找到)和 lldb(默认的 macOS 调试器)。

在我的情况下是 gdb,但如果您使用的是 lldb 调试器(例如,如果您在 Mac 上),只需在此处交换该命令即可。

R -d gdb

接下来,运行 R。

run

您现在应该在一个附加了 C++ 调试器的 R 会话中。这看起来类似于普通的 R 会话,但会有一些额外的输出。

现在,运行您的代码 - 直接在会话中运行或从文件中获取它。如果代码导致段错误,您将获得额外的输出,您可以使用它来诊断问题或将其作为额外信息附加到问题中。

这是前一个示例中所示的段错误的调试器输出。您可以在此处看到触发段错误的确切行包含在输出中。

> S3FileSystem$create()

Thread 1 "R" received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x00007ffff0128369 in std::__atomic_base<long>::operator++ (this=0x178) at /usr/include/c++/9/bits/atomic_base.h:318
318       operator++() noexcept

如果您的会话挂起,则获取调试器输出

当发生段错误时,上述说明可以提供有价值的附加上下文。但是,有时错误会导致您的会话无限期挂起而不会出现段错误。在这种情况下,中断调试器并从所有正在运行的线程生成回溯可能在诊断方面很有用。

为此,首先,按 Ctrl/Cmd 和 C 中断调试器,然后运行

thread apply all bt

这将生成大量输出,但此信息在识别问题原因时很有用。

延伸阅读

以下资源提供了调试 R 代码的详细指南

有关在 R 中使用 C++ 调试器的出色深入指南,请参阅David Vaughan 的这篇博文

您可以在LLDB 网站上找到等效的 gdblldb 命令列表。